Gebelik boyunca gerekli durumlarda ilaç kullanımı mümkündür. Ancak temel prensip, gerekli olduğu bilinen folik asit, kalsiyum ve demir gibi desteklerin dışında mümkün olduğunca ek ilaç kullanılmamasıdır. Çünkü kullanılan ilaçların bazı durumlarda yeni gelişmekte olan bebeğin organ taslakları üzerinde olumsuz etkileri olabilmektedir. Doğumsal sakatlıkların yaklaşık olarak %2-4'ünün gebelikte kullanılan ilaçlara veya toksik maddelere maddelere bağlı olduğu düşünülmektedir.

İlaç alındıktan sonra annenin kanına karışan ilaç etken maddesi, plasenta adı verilen ve bebeği beslemekkle görevli organ aracılığıyla bebeğe geçebilmektedir. Bebek kanında bulunan ilaç çeşitli yollarla zarar verebilir. Bebeğin gelişim sürecinde organlarının zarar görmesine, sakat doğmasına ve hatta anne karnında ölümüne neden olabilir. Plasentada hasar oluşturarak bebeğin gelişimini kısıtlayabilir. Rahim duvarı kaslarının kasılmasına neden olarak dolaylı bir şekilde bebek kanlanmasını etkileyebilir.

İlaçların bebek üzerindeki zararlı etkileri alınan ilaç tipi, dozu ve bebeğin gelişimsel dönemi ile ilgilidir. İlaç gebeliğin çok erken bir döneminde alınmışsa yani embriyo oluştuktan sonraki 15-18 gün içinde alındıysa ya hep ya hiç kuralı geçerlidir. Yani aslında bu dönem kabaca adet gecikmesi olmadan önceki dönemi. diğer bir deyişle bu dönemde alınan maddenin eğer embryoya zararlı bir etkisi olursa embriyo ölür ve gebelik sona erer. Bu dönemde etkilenmeye bağlı olarak sakatlık oluşma ihtimali olmaz.

Bebeğin ilaçlar ve toksik maddeler açısından en hassas olduğu dönem gebelik oluştuktan sonraki 17-90 gün arasıdır. Bu dönem kabaca adet gecikmesinden sonra başlar ve 12. haftaya kadar devam eder. Bu dönem bebeğin organ taslaklarının oluştuğu dönemdir. Gelişmekte olan organlar üzerine toksik etki yapabilen ilaçlar, bu dönemde kullanılırsa doğumsal sakatlıklara neden olabilirler. 11-12. haftadan sonra yani organ taslakları oluştuktan sonra kullanılan ilaçlar ayrıca önemli bir sakatlığa sebep olmasalar bile eğer zararlı iseler organların fonksiyonlarını bozarak bebeğin gelişimini olumsuz etkileyebilirler.

İlaçların gebelik üzerine olan zararlı etkilerini saptamak için hayvanlarda ve insanlarda deneysel çalışmalar yapılır. Bu çalışmalara dayanarak, gebeliğe etkileri açısından ilaçlar beş gruba ayrılmıştır.

Gebelikte kullanılan ilaçların yan etkileri sadece gözle görülür anormallikler olarak tanımlanmıştır. Oysa ilaç ve diğer zararlı etkenlerin doğum sonrasında da insanı yaşamı boyunca organik, fonksiyonel ve ruhsal olarak etkileyebileceği de akıldan çıkmamalıdır. Herhangi bir nedenle ilaç kullanması gereken gebelerin mutlaka öncesinde kendilerini takip eden hekime danışmaları gerekmektedir. Gebe kadının ilaç kullanımı konusunda dikkat etmesi gereken en önemli konu reçetesiz eş,dost, komşu ve akraba tavsiyesi ile ilaç kullanmamasıdır. Gebelik boyunca eğer hekim tarafından herhangi bir nedenle bir ilaç kullanılması gerekiyorsa en fazla C kategorisine kadar olan ilaçlar tercih edilir.

Başka bir konu da sadece gebelerin değil, herhangi bir doğum kontrol yöntemi kullanmayan ve gebelik isteyen kadınların da adetlerinin ikinci yarısında gebe kalabileceklerini düşünerek bebeğe zarar verebilecek ilaçlardan kaçınmalarıdır.